技術背景 GPU加速是現代工業各種場景中非常常用的一種技術，這得益於GPU計算的高度並行化。在Python中存在有多種GPU並行優化的解決方案，包括之前的博客中提到的cupy、pycuda和numb ...

技術背景 增強采樣（Enhanced Sampling）是一種在分子動力學模擬中常用的技術，其作用是幫助我們更加快速的在時間軸上找到盡可能多的體系結構及其對應的能量。比如一個氫氣的燃燒反應，在中間過 ...

技術背景 VMD是分子動力學模擬領域常用的一款可視化軟件，可以非常直觀方便的展示分子的運動過程。而VMD本身對展現的格式有一定的要求，如果不是常見的rst等類型的坐標文件的話，就需要自己手動去實現一 ...

技術背景 周期性邊界是分子動力學模擬中常用的一種技術手段，不僅可以完整的概述完整的分子體系的特性，在一部分場景下還可以提升計算的效率，從作用上來看更像是一類的近似模型（假設有一個原子逃出這個周期性邊 ...

技術背景 在數學和物理學領域，總是充滿了各種連續的函數模型。而當我們用現代計算機的技術去處理這些問題的時候，事實上是無法直接處理連續模型的，絕大多數的情況下都要轉化成一個離散的模型再進行數值的計算。 ...